Ich kenne den Grund nicht, aber dennoch denke ich mal, dass deine Vermutung nicht ganz richtig ist. Alle Wächtertypen wurden vor 10.000 Jahren von den Sheikah entworfen und sollten Zelda und Link gegen Ganon helfen. Die Tatsache, dass sie Link nun angreifen sagt mir, dass sie von der Verheerung manipuliert worden sind.
Es ist aber auch denkbar, dass Nano-Wächter ja ausschließlich in Schreinen vorkommen und deshalb lediglich eine projizierte Gefahr sind. Sie sind nicht real, sondern die Prüfungen des jeweiligen Sheikah-Mönchs. Vielleicht reagiert das Schwert deshalb nicht.
Soweit ich weiß (leider kann ich mich nicht mehr erinnern welches, aber ich hab mal ein YT-Video drüber gesehen. Demnach ist es wohl eher eine Theorie), sind die Nano-Wächter NICHT von Ganon infiziert worden, sondern gehorchen den Mönchen, die ja seit 10.000 Jahren, gemeinsam mit ihren "Wächter-Versionen" auf den Held warten. Ergo sind das auch schon ganz alte Maschinen, die sich Link in den Weg stellen, um ihn zu prüfen. Es heißt ja nach jeder Kraftprobe: Du hast meine Prüfung bestanden. -
Erkennen kann man das daran, dass ihre Musterungen "orange" sind und nicht wie die von Ganon übernommene "pink/rosa". Demnach hat Ganon sie nicht infiziert und wenn kein "Ganonvirus" in ihnen ist, schlägt das Masterschwert nicht an. So wie ich das sehe, kam Ganons Macht nicht in die damals noch versiegelten Schreine, weshalb die verbleibenden Wächtertypen dort noch "gut" sind und ihre Aufgabe als "Prüfmaschinen" ausführen. -> Das mit der Farbe sieht man in dieser einen Erinnerung, die man auf der Brücke im Schloss findet. Bevor Ganon sie auf seine Seite zog, haben die Wächter dort auch noch orange geleuchtet. :)