Gekonnt falsch. Seit OOT und MM wird versucht, eine Verbindung zu den Spielen herzustellen. Das wurde offiziell gesagt.
Es ist sinnloser zu sagen "Es ist so weils Tradition ist.", bei Mario braucht man nicht viel Story, aber Nintendo will eindeutig, dass sich Zelda storytechnisch weiterentwickelt. Also wollen sie auch möglichst viel Sinn und Geschichte hineinstecken. So wird ein Schuh draus. Es gibt diese typischen Charaktere, weil sie Tradition sind. Die Umstände INGAME sind was völlig anderes.
Der Ganon aus Wind Waker ist derselbe Ganon, den es schon in OOT gab. Dort ging es auch um den Held der Zeit, der nicht auffindbar war. Da man davon ausgehen kann, dass Twilight Princess dasselbe ist wie Wind Waker, nur eine alternative Realität a.k.a. andere Timeline, würde ich mal sagen, ist dieser Ganon ebenfalls derselbe. Bin ich mir nicht sicher, aber so ziemlich alles deutet darauf hin.
Wie das mit den 2D-Spielen ist, weiß ich nicht. Davon habe ich nur Lets Plays geschaut (bis auf Minish Cap), und da achte ich nicht wirklich auf die Story.
In OoT haben wirs gesehen: Man kann Ganondorf nicht töten, zumindest nur sehr, sehr, verdammt, omg, sehr schwer. Er wurde nur verbannt. Aber wie jeder ordentliche Bösewicht sammelt er seine Kräfte und kann sich letztlich davon befreien. Was für eine glückliche Fügung des Schicksals, dass genau dann ein neuer junger Link immer zur Stelle ist.
Wie es jetzt nach Twilight Princess aussieht, kann ich mir selbst nicht vorstellen. Es sah ziemlich... endgültig aus. Aber da Nintendo seinen Lieblingsbösewicht der Zeldareihe definitiv nicht wegwirft nehme ich an, sehen wir ihn wieder. Und dann vermutlich mit mehr Hintergrundgeschichte.
Nur ums zu verdeutlichen: Generell kann man glaube ich sagen hält sich Ganondorf so hartnäckig auf den Beinen, weil er das Triforce der Stärke/Macht hat. Vor OoT ergibt das wenig Sinn, aber seitdem passt das wunderbar.
Sorry, sollte ich generell Dinge nur wiederholt haben, hab mir bei Weitem nicht alles durchgelesen.