Mithilfe der drei Lichtgeister kann sich Link auf die Suche nach dem Geisterschiff begeben. Hat er es gefunden, kann er an Bord und auf die Suche nach Tetra gehen. Zunächst trifft er dort jedoch nur auf eine von vier Schwestern, die dort gefangen ist und um Befreiuung ihrer anderen drei Schwestern bittet. Wie auch im Tempel des Meereskönigs gibt es im Geisterschiff Schutzzonen, in denen Link sich vor den patroullierenden Zombies verstecken kann. Link muss die in verschiedenen Bereichen des Schiffes untergebrachten Schwestern finden und zur ersten bringen. Sind alle vier vereint, zeigen sie ihr wahres Gesicht und stellen sich als der Endboss heraus, der Link zu einer Partie Volleyball herausfordert. Ein Dungeon-Item gibt es nicht.
Das Geisterschiff erscheint nicht wie ein vollständiger Dungeon und dient, ähnlich wie der Tempel des Meereskönigs, eher wie ein Zwischenspiel und natürlich zur Rettung Tetras. Der Weg in die unteren Etages des Schiffes muss sich, wie auch im Tempel des Meereskönigs, langsam erarbeitet werden, bis endlich alle vier Schwestern vereint sind. Dabei muss man darauf achten, dass die Schwestern auf dem Weg durch das Schiff nicht anfangen zu schreien, weil sie eine Spinne sehen oder ähnliches, da dadurch die umherstreifenden Zombies alarmiert werden. Da ich bereits an anderer Stelle von einem Gegner namens Kubus-Schwestern gelesen hatte, wusste ich bereits bei meiner Begegnung mit der ersten von ihnen, was mich am Ende erwarten würde und war daher nicht überrascht, dass die ach so hilflosen und ängstlichen Schwestern ein Spiel mit mir gespielt haben. Der Kampf mit dem Zurückschlagen der Bälle erinnerte mich ein wenig an den Kampf mit Aganhim aus ALttP oder gegen Phantomganon bzw. Ganondorf aus OoT. Ansonsten war das Geisterschiff von der Atmosphäre her so aufgebaut, wie man sich ein Geisterschiff vorstellt: düster, leicht heruntergekommen, tückische Falle und Geister als Gegner. Alles in allem ganz nett, wäre aber sicher ausbaufähig.