Wenn man sich dann auch noch völlig frei bewegen und z.B. unbedarft durch Midgar schlendern und mit den Shinra-Soldaten da plaudern könnte, würde das noch weniger mit der Handlung zu dem Zeitpunkt zusammenpassen als es eh schon der Fall ist.
Ich sehe nicht, wie sich das einander ausschließen könnte, das hätte man auch kreativ ändern können, indem man die Missionen ab dem Zeitpunkt nicht mehr für Hojo sondern einen Assistenten macht? Das machen ja andere Spiele auch, dass sie Charaktere oder Orte austauschen, weil es von der Story her nicht mehr passt, das Gameplay aber unverändert lassen. Also inhaltlich wäre es kein Problem. Durch das ganze Virtual Reality oder Simulations-Zeug, das auch am Anfang ständig passiert, wäre es sogar theoretisch in der Story nicht weniger stimmig, da man es mithilfe dieser Sachen einbauen könnte und es würde dennoch Sinn ergeben (weil sich in der Simulation Zeit anders verhält oder bestimmte Dinge eben nicht so sind, wie in der Realität).
Rein vom Erzählerischen fände ich es persönlich nicht dramatisch. Wie gesagt, mich riss das System bisher schon sehr oft aus der Story. Kann sein, dass es gegen Ende zum Höhepunkt hin nochmal schlimmer ist, aber dann wäre ja eben möglich, diese Variante möglich, dass man ab einem gewissen Punkt nach dem Besiegen des Endbosses startet und alles besuchen und schaffen kann, wie es das in zig anderen Spiele gibt und dort fand ich es super gelöst weil man eben die Story nur einmal durchspielt und kennt und diese Spannung danach weniger ist und dann möchte man eben das Gameplay nochmal voll auskosten, was aber nicht geht, da das Spiel einem da ein paar Prügel reinwirft. Storykontinuität in der Erzählweise sind wichtig aber in diesem Spiel eh nicht so wahnsinnig vorhanden, zumindest für mich, da das Writing und Missionsdesign eher nicht so toll sind und da würde es mich persönlich auch nicht stören, wenn der Höhepunkt da nicht stimmig ist, weil man herumlaufen und Nebenquests machen kann. Immerhin muss man es ja nicht machen, wenn es einem den Höhepunkt versaut, aber man könnte es. So nimmt es mir die Möglichkeit, alles zu holen, während in der anderen Variante niemandem die Möglichkeit genommen wäre, das Ende zu genießen und dann auch alles zu holen, finde ich halt. Diese Entscheidung der Entwickler ist mir rätselhaft.